La Fondation Naturex est dirigée par un Conseil d'Administration composé de 6 membres, et regroupe des personnalités internes et externes à l’entreprise. Présidé par Jacques DIKANSKY, le Conseil d’Administration se réunit trois fois par an. Son programme d'action est établi pour une durée de cinq ans avec une éventuelle reconduction. Le Conseil d’Administration définit la politique et les orientations générales de la Fondation et dispose à cet effet de tous les pouvoirs pour prendre les décisions qui sont dans l’intérêt de la Fondation.
Jacques DIKANSKY, Président, en charge de la direction générale, des budgets de soutien aux projets.
Thierry LAMBERT, Trésorier, qui assure la bonne gestion et la transparence financière de la Fondation.
Antoine DAUBY, Secrétaire, en charge de la coordination et la communication des projets.
Axel d’HAUTHUILLE, qui prospecte les partenariats potentiels et prend part dans la sélection de projets spécifiques.
Un comité consultatif composé de personnalités qualifiées : Chris KILHAM et Laurent MALLET, qui sont impliqués dans les domaines d'intervention de la Fondation Naturex. Ils contribuent aux principales orientations des programmes de la Fondation Naturex et prennent part à l’évaluation et à la sélection des projets.